水運工程管理分級管理

（1）大江大河流域或跨省的水運工程系統(tǒng)，由國家主管機構(gòu)管理；受益及影響范圍在某一地區(qū)以內(nèi)的地方航道和港口，由地方政府及其主管機構(gòu)管理。

（2）海區(qū)因自然地理條件不同，受益范圍跨海區(qū)、跨部門的由國家主管機構(gòu)管理；受益及影響范圍在某一地區(qū)以內(nèi)的，由地方政府及其主管機構(gòu)管理。

（3）由企業(yè)集體或中外合資、外商獨資興辦的水運工程，如專用的港口碼頭及其進港航道、航道樞紐等，由投資者或其委托的代理機構(gòu)進行管理，國家給予技術(shù)指導(dǎo)。

水運工程管理部門之間的分工

（1）國家主管水運工程的機構(gòu)負(fù)責(zé)水運工程的統(tǒng)籌規(guī)劃、政策法規(guī)、經(jīng)濟調(diào)節(jié)（包括指令性和指導(dǎo)性經(jīng)濟計劃）、檢查和監(jiān)督。

（2）流域、海區(qū)性機構(gòu)負(fù)責(zé)其管轄范圍內(nèi)水運工程的管理和開發(fā)工作。

（3）涉及部門之間矛盾的問題，由上一級水運工程主管機構(gòu)負(fù)責(zé)協(xié)調(diào)。

水運工程管理專業(yè)機構(gòu)的設(shè)置

大江大河及大海區(qū)，由國家水運工程主管部門設(shè)置流域性機構(gòu)，如各流域的航務(wù)管理局，海區(qū)性機構(gòu)如航務(wù)工程局、航道局等專業(yè)機構(gòu)進行管理；地方性的港口、航道由地方部門按照規(guī)模大小分別設(shè)置地方性的航務(wù)工程管理局、航道局、港務(wù)局等專業(yè)機構(gòu)管理；集體企業(yè)的專用設(shè)施，如專用港口碼頭及其進港航道和助航設(shè)施等，由投資者設(shè)置管理機構(gòu)進行管理。部分原航務(wù)管理分局及其下設(shè)的工程局或設(shè)計院，按政企分離原則成為獨立的企業(yè)，在工程市場上成為技術(shù)骨干基礎(chǔ)和市場行為主體。